تأسست الهيئة في التاسع والعشرين من سبتمبر في العام 2004 تحت مسمى “هيئة الإمارات للهويّة” بموجب المرسوم بقانون اتحادي رقم (2) لسنة 2004 القاضي بإنشاء “برنامج السجل السكاني وبطاقة الهوية”، حيث اختصت الهيئة منذ تأسيسها بتقديم خدمات تعريف وتأكيد هويات الأفراد للجهات الحكومية الاتحادية والمحلية.
وجاء المرسوم بقانون اتحادي رقم ( 3) لسنة 2017 ليتقرر استبدال تسميتها من “هيئة الإمارات للهوية” إلى “الهيئة الاتحاديّة للهويّة والجنسيّة” وإضافة اختصاصات جديدة إلى مهامها هي شؤون الجنسية وجوازات السفر ودخول وإقامة الأجانب في الدولة، إلى جانب مسؤوليتها عن رسم السياسة المتعلقة بذلك، وضمان تنفيذها وفقاً لأحكام هذا المرسوم والقوانين والأنظمة والقرارات النافذة بالدولة.
ونص المرسوم بقانون اتحادي رقم (14) لسنة 2021 بإنشاء الهيئة الاتحادية للهوية والجنسية والجمارك وأمن المنافذ ليشكل انعطافة مهمّة وكبيرة في مسيرة عمل الهيئة لتضطلع كذلك بمهام أخرى إضافية كتعزيز أمن المنافذ والحدود والمناطق الحرة، وتنظيم وإدارة العمل الجمركي في الدولة بما يتوافق مع المعايير الدولية والمتطلبات الأمنية.